İSAR temel eğitim programını başarıyla tamamlayan öğrencilerin ihtisas kademesinde aldıkları dersler İSAR Özbekler Tekkesi İhtisas Merkezi'nde sürdürülmektedir. İhtisas kademesinde, temel eğitim programında elde edilen birikimin daha ileriye taşınarak üretime dönüştürülmesi amaçlanmaktadır. Bu çerçevede, öğrencilerin alan odaklı dersler ve bu dersler etrafında geniş okumalar yaparak geçmiş ile bugün arasında mukayeseli araştırmalar yapmalarına destek olunmaktadır.
İSAR temel eğitim programının yanı sıra, İhtisas Merkezi'nde düzenlenen atölyeler ile ihtisas düzeyindeki öğrencilerle diğer öğrencilerin kendi alanlarında saygın bir yere sahip olan ilim adamları etrafında ders halkaları oluşturmaları sağlanmaktadır. Bu bağlamda İSAR'da düzenlenen atölye ve okuma grupları farklı kademelerde bulunan ama aynı alanlara ilgi duyan öğrencilerin etkileşimine zemin hazırlamaktadır. Bunlar dışında İSAR Tez Sunumları, Özbekler Tekkesi Konuşmaları, İmam Rabbani'nin Mektubat'ı gibi çeşitli ders ve etkinliğin de yapıldığı Özbekler Tekkesi, tarihsel misyonuna uygun bir mekan olarak birçok programa ev sahipliği yapmaktadır.
